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Thèses

par Webmaster - publié le , mis à jour le

2018

Yizhi ZHANG, (BIP02) soutiendra sa thèse intitulée : “Intrinsically disordered proteins in Chlamydomonas reinhardtii
le 20 septembre 2018 (le lieu et l’heure sont à confirmer)
devant le jury composé de :
Mme Corinne CASSIER-CHAUVAT, DR CEA Saclay - rapporteure,
M. Thierry CHARDOT, DR INRA Versailles - rapporteur,
Mme Sonia LONGHI, DR CNRS AFMB Marseille - examinatrice,
Mme Sandrine LANFRANCHI-LEBRETON, MCF UPMC Paris, examinatrice,
M. Benoit MENAND, CR BIAM Marseille - examinateur,
Mme Brigitte GONTERO-MEUNIER, DR CNRS Marseille - Directrice de Thèse.

2017

Souhela BOUGHANEMI a soutenu sa thèse
le MARDI 19 DECEMBRE à 14H
dans l’Amphithéâtre Pierre Desnuelle

Sophie BOUILLET (BIP03) a soutenu sa thèse :
« Che1, un nouveau système de transduction du signal régule post-traductionnellement le facteur sigma S chez Shewanella oneidensis »
le JEUDI 7 DECEMBRE 2017 à 14h
dans l’Amphithéâtre Pierre DESNUELLE devant le jury composé de :
M. Claude BRUAND, Rapporteur
Mme. Sylvie CHEVALIER-LAURENCY, Rapportrice
M. Stephan LACOUR, Examinateur
Mme. Aurélia BATTESTI, Examinatrice
Mme. Chantal IOBBI-NIVOL, Directrice de thèse

résumé :
Shewanella oneidensis est une bactérie aquatique retrouvée dans de nombreuses niches écologiques et qui possède une grande capacité d’adaptation aux stress environnementaux. Mon travail de thèse s’est focalisé sur l’étude du système chimiosenseur Che1. Nous avons démontré au cours de cette thèse qu’il est impliqué dans la réponse aux stress généraux.
L’opéron che1 est constitué des gènes codant pour des protéines qui composent un système chimiotactique classique tels qu’une histidine kinase CheA1, deux senseurs de signaux MCP ou encore un régulateur de réponse CheY1. Deux gènes de cet opéron codent pour des protéines atypiques : la protéine CrsR qui est un régulateur de réponse original composé de trois domaines : un domaine receveur, un domaine sérine phosphatase et un domaine sérine kinase et anti-facteur σ ainsi que la protéine CrsA qui présente des homologies avec des antagonistes d’anti-facteur σ.
Au cours de mon travail de thèse, j’ai démontré que ces deux protéines forment un module de « partner-switch » en séquestrant ou relarguant le facteur σS, impliqué dans la réponse aux stress généraux. J’ai également mis en évidence le rôle protecteur de CrsR vis-à-vis de σS permettant ainsi une adaptation aux stress extrêmement rapides. Une étude bioinformatique m’a permis de montrer que ce « partner-switch » est répandu chez les γ-protéobactéries et une étude plus détaillée dévoile que l’homologue de ce système est lui aussi impliqué dans le contrôle de σS chez Pseudomonas aeruginosa. Enfin, j’ai montré l’implication du système chimiosenseur Che1 dans la régulation de ce « partner-switch » chez S. oneidensis.

Matteo SENSI a soutenu avec succès publiquement ses travaux de thèse intitulés
"Réactivité et photochimie du site actif de l’hydrogénase FeFe"
Le mercredi 8 NOVEMBRE 2017 à 14h dans l’Amphithéâtre Pierre Desnuelle.
Devant le jury composé de
- Mme Carole BAFFERT
- M. Luca BERTINI, University of Milan-Bicocca
- M. Jochen BLUMBERGER, University College London
- M. Luca DE GIOIA, University of Milan-Bicocca
- M. Christophe LEGER
- Mme Emilia SICILIA, Rapportrice, Univesità della Calabria
- M. Cédric TARD, Rapporteur, Laboratoire de Chimie Moléculaire, Ecole Polytechnique

Résumé :
Les hydrogénases FeFe sont des métalloenzymes qui catalysent l’oxydation et la production de H2. Le cycle catalytique et de nombreux aspects de la réactivité de ces enzymes, y compris l’inactivation aérobie et anaérobie, ne sont toujours pas complètement compris. Des techniques spectroscopiques sont couramment utilisées pour obtenir des informations sur la structure électronique du site actif des hydrogénases FeFe, en déterminant l’absorption de l’enzyme à différentes longueurs d’onde. Dans cette thèse, je propose d’utiliser dans ce contexte une nouvelle technique que nous avons appelée "photoélectrochimie directe", où l’on mesure la fréquence de turnover d’une enzyme en contact direct avec une électrode et irradiée par une source lumineuse. Je montre qu’il est possible de détecter l’absorption de la lumière par le site actif en fonction de la longueur d’onde et de la puissance de la lumière incidente, en enregistrant des changements de fréquence de turnover induites par l’irradiation. En mettant l’accent sur ces changements d’activité, nous sommes sûrs d’étudier l’effet de la lumière sur des intermédiaires catalytiques. J’ai utilisé la photo-électrochimie directe pour étudier l’effet de l’irradiation sur la cinétique d’inhibition par le CO de trois hydrogénases FeFe distinctes. J’ai déterminé le spectre d’action de la photo-dissociation de l’inhibiteur CO et j’ai décrit le processus au niveau QM pour la première fois, en obtenant un bon accord entre les expériences et la théorie. J’ai également étudié la photoinhibition de l’enzyme. J’ai effectué des expériences de photoélectrochimiques en irradiant la protéine avec des diodes laser monochromatiques dans le domaine de la lumière visible, une lampe halogène ou une lampe au xénon et j’ai observé que les hydrogénases FeFe de C. reinhardtii et C. acetobutylicum sont irréversiblement inactivées par la lumière UVB. En utilisant la DFT et la TDDFT, j’ai conclu que les étapes initiales de la photoinhibition consistent en la photodissociation d’un ligand carbonyle intrinsèque du site actif, suivie de la formation d’une espèce inactive stable. J’ai aussi effectué des expériences préliminaires pour examiner l’effet de la lumière sur l’activité de deux autres métalloenzymes : la CO déshydrogénase (CODH) et la hydrogénase NiFe. J’ai observé que l’activité du CODH n’est pas affectée par la lumière, mais la réactivation de l’enzyme, après exposition à l’oxygène, est plus rapide lors de l’irradiation avec la lumière. J’ai également montré que la forme oxydée et inactive de NiFe-hydrogénase se réactive plus rapidement lors de l’irradiation avec une lumière violette/bleue que dans l’obscurité. Mes résultats illustrent la force de l’approche méthodologique qui combine électrochimie directe et TDDFT, et apportent de nouvelles connaissances sur les propriétés chimiques et photophotochimiques de plusieurs métalloenzymes.

Mériem MERROUCH a soutenu avec succès sa thèse intitulée "Mécanisme, maturation et biodiversité d’une enzyme à cofacteur NiFe, importante dans le contexte de l’énergie et de l’environnement : la carbone monoxyde déshydrogénase",
le mercredi 25 OCTOBRE 2017 à 10h dans l’amphithéâtre Pierre Desnuelle
devant le Jury composé de
- Béatrice GOLINELLI (Rapportrice)
- Vincent NIVIERE (Rapporteur)
- Corinne AUBERT (Examinatrice)
- Petra HELLWIG (Examinatrice)
- Jalila SIMAAN (Examinatrice)
- Sébastien DEMENTIN (Directeur de thèse)
- Pierre-Pol LIEBGOTT (Co-directeur de thèse)
- Vincent FOURMOND (Invité)

Résumé Français :
Les CO-Déshydrogénases (CODH) catalysent l’oxydation réversible du CO en CO2 selon la réaction : CO + H2O ↔ CO2 + 2e- + 2H+ . Le site actif des CODH homodimériques isolées d’organismes anaérobies est constitué d’un centre [Ni-4Fe-4S]. La CODH contient 3 autres centres Fer-soufre dont un est à l’interface entre les deux monomères. Nous avons étudié différents aspects de la réactivité de CODHs provenant de divers micro-organismes : leur fonction physiologique, la maturation de leur site actif, leur mécanisme catalytique et leur réactivité vis-à-vis de l’O2.
Ces enzymes sont réputées être « extrêmement » sensibles à l’O2, cependant le mécanisme d’inactivation par l’oxygène n’est pas connu. Nous avons étudié par électrochimie directe l’effet de l’oxygène sur différentes CODHs et montré que l’oxygène inhibe rapidement le site actif, mais qu’il est possible de réactiver l’enzyme partiellement ou totalement après réactivation. Nous avons également démontré que cette réactivité varie d’une CODH à l’autre.
Afin de caractériser la chaîne de transfert d’électron de la CODH de Desulfovibrio vulgaris Hildenborough, nous avons analysé par des approches biochimiques, électrochimiques et spectroscopiques différents mutants de la CODH. Nous avons, par mutagénèse dirigée, modifié le centre [2Fe-2S] interfacial soit pour le convertir en centre [4Fe-4S] soit pour l’éliminer complètement. Nos résultats montrent que la sensibilité vis-à-vis de l’O2 des CODH ne dépend pas de la nature de ce centre fer-soufre, mais qu’étonnamment sa présence favorise l’insertion du nickel au site actif.
Pour comprendre la fonction de la protéine accessoire CooC dans la maturation du site actif de la CODH de Desulfovibrio vulgaris Hildenborough, nous avons entrepris différentes approches pour produire cette maturase et nous avons comparé les structures cristallographiques des CODHs produites en présence ou en absence de la maturase. Nos données sont cohérentes avec les résultats obtenus précédemment : CooC est nécessaire à l’insertion du nickel.
Certains microorganismes s’appuient sur la CODH pour utiliser le CO comme seule source de carbone et d’énergie. Ce n’est pas le cas de Desulfovibrio vulgaris Hildenborough, mais cette bactérie consomme le CO lorsqu’il est ajouté au milieu. Nous avons remis en question l’hypothèse que la CODH a un rôle dans la détoxification, en montrant que la CODH confère un avantage physiologique à Desulfovibrio vulgaris Hildenborough en absence de CO, et est importante dans le métabolisme énergétique et la production de biomasse dans certaines conditions.

2016

Romain CLEMENT (BIP02) a soutenu sa thèse intitulée :
"Adaptation des diatomées à différentes concentrations de CO2"
le 12 DECEMBRE 2016 à 13h30 dans l’Amphithéâtre Pierre Desnuelle.
Composition du Jury :
- M. Christophe ROBAGLIA, Professeur AMU,
- Mme Corinne CASSIER-CHAUVAT, DR, CNRS
- M. Hervé MOREAU, DR, CNRS
- Mme Sandrine LANFRANCHI-LEBRETON, Maître de conférences, UPMC
- Mr Stephen MABERLY, Professeur, NERC CEH (UK) (Co-directeur, invité)
- Mme Brigitte MEUNIER-GONTERO, DR, CNRS (Directrice de thèse)

Julia RENDON (BIP07) a soutenu sa thèse intitulée
"Etudes structurales et fonctionnelles de la nitrate réductase A par spectroscopie RPE à haute résolution"
le 13 DECEMBRE à 14h, devant le jury composé de
- Dr. Pierre DORLET (Rapporteur)
- Dr. Carole DUBOC (Rapportrice)
- Pr. Petra HELLWIG (Examinatrice)
- Pr. Stéphane VIEL (Examinateur)
- Pr. Bruno GUIGLIARELLI (Directeur de thèse)
- Dr. Stéphane GRIMALDI (HDR,co-directeur de thèse)
- Dr. Axel MAGALON (membre invité)

Karen MONSALVE (BIP01) a soutenu sa thèse intitulée
"Electrode nanostructuration for enzymatic electrocatalysis : Towards a " green" H2/O2 fuel cell"
le 6 DECEMBRE 2016, dans l’Amphithéâtre Pierre Desnuelle, à 13h30
devant le jury constitué de
- Fethi BEIDOUI, DR-CNRS, Université Descartes
- Christine MOUSTY , DR-CNRS, Université Blaise Pascale
- Sophie LECOMPTE, DR-CNRS, Université de Bordeaux
- Lionel SANTINACCI, CR-CNRS, Université Aix-Marseille
- Elisabeth LOJOU, DR-CNRS, Université Aix-Marseille.

2015

Gabriel THIEULIN-PARDO (BIP02) a soutenu sa thèse intitulée
"Régulation d’enzymes du cycle de Calvin-Benson par une protéine intrinsèquement désordonnée, la CP12, chez Chlamydomonas reinhardtii"
le Mercredi 2 DECEMBRE 2015 à 14h, dans l’amphithéâtre Pierre Desnuelle, devant le jury composé de :
- Dr Christophe ROBAGLIA, Professeur AMU, (Président du Jury)
- Dr Stéphane RAVANEL, DR INRA, (Rapporteur)
- Dr Bruno ROBERT, DR CEA, (Rapporteur)
- Dr Sandrine LANFRANCHI-LEBRETON, Maître de conférences UPMC, (Examinatrice)
- Dr Sonia LONGHI, DR CNRS, (Examinatrice)
- Dr Brigitte GONTERO-MEUNIER, DR CNRS, (Directrice de thèse)

Jessica HADJ-SAÏD (BIP06) a soutenu sa thèse intitulée
"La CO déshydrogénase de Desulfibrio vulgaris"
le Lundi 28 SEPTEMBRE 2015 à 14h, dans l’amphithéâtre Pierre Desnuelle, devant le jury composé de :
- Dr Marius REGLIER, (Président du Jury)
- Dr Véronique BALLAND (Rapportrice)
- Dr Sandrine BOSCHI-MULLER (Examinatrice)
- Dr Sébastien DEMENTIN (Co-Directeur de Thèse)
- Dr Christophe LEGER (Directeur de Thèse)
- Dr Sandrine OLLAGNIERS DE CHOUDENS (Rapportrice)

Magali ROGER (BIP01) a soutenu sa thèse intitulée
"Etude biophysique, structurale et fonctionnelle d’une protéine à cuivre issue de la bactérie acidophile Acidithiobacillus ferrooxidans"
le Mercredi 29 AVRIL 2015 à 14h dans l’amphithéâtre Pierre Desnuelle, devant le jury composé de
- Dr Anne DEVIN (Examinatrice)
- Dr Marie-Thérèse GIUDICI-ORTICONI (Co-directrice de thèse)
- Dr Marianne ILBERT (Co-directrice de thèse)
- Dr Marius REGLIER (Examinateur)
- Dr Bruno ROBERT (Rapporteur)
- Dr Gilles TRUAN (Rapporteur)

2014

Malika MEKHALFI (BIP02) a soutenu sa thèse intitulée
"Production de lipides neutres chez Asterionella formosa et régulation métabolique"
le mercredi 17 DECEMBRE 2014 à 14h dans l’Amphitheâtre Pierre Desnuelle, devant le jury composé de :
- M. Christophe ROBAGLIA, PR. Université Aix Marseille, Président
- M. Frédéric CARRIERE, DR CNRS, Examinateur
- M. Hervé MOREAU, DR CNRS, Rapporteur
- M. Thierry CHARDOT, DR INRA, Rapporteur
- Mme Brigitte GONTERO-MEUNIER DR CNRS, Directrice de thèse

Nolwenn LE BRETON (BIP07)
a soutenu sa thèse intitulée « Nouvelles approches pour le marquage de spin suivi par spectroscopie de Résonance Paramagnétique Électronique - Application à l’étude de la dynamique des protéines » le Mercredi 19 Novembre à 14 h 30, dans l’Amphithéâtre "Pierre Desnuelle" CNRS - 31 chemin Joseph Aiguier – Marseille.
Composition du jury :
- Mme Valérie BELLE (Directrice de thèse)
- M. Pierre DORLET (Rapporteur)
- Mme Marlène MARTINHO (Co-Directrice de thèse)
- M. Antal ROCKENBAUER (Examinateur)
- M. James STURGIS (Examinateur)
- M. Hervé VEZIN (Rapporteur)

Anne de POULPIQUET (BIP01) a soutenu sa thèse
le Jeudi 4 décembre à 13h30 dans l’amphi Desnuelles,
sur les "Biopiles enzymatiques H2/O2 : Nanostructuration de l’interface électrochimique pour l’immobilisation des enzymes rédox", devant le jury composé de
- Elisabeth LOJOU (Directrice de thèse)
- Michael HOLZINGER (Examinateur)
- Philippe KNAUTH (Examinateur)
- Alexander KUHN (examinateur)
- Corinne LAGROST (rapportrice)
- Nicolas PLUMERE (rapporteur)
- Marius REGLIER (examinateur)

Julien JACQUES (BIP07)
a soutenu sa thèse le Vendredi 11 avril 2014 à 14h, dans l’amphithéâtre Pierre Desnuelle sur la "Réactivité de la nitrate réductase périplasmique étudiée par spectroscopie RPE et électrochimie directe".
Composition du jury :
- Dr Serge GAMBARELLI, Rapporteur,
- Dr Benoît LIMOGES, Rapporteur,
- Dr Marius REGLIER, Examinateur,
- Dr Jérôme SANTONI, Examinateur,
- Dr Vincent FOURMOND, Invité,
- Dr Bruno GUIGLIARELLI, Directeur de thèse,
- Dr Bénédicte BURLAT, co-Directeur de Thèse.

2013

Abbas ABOU-HAMDAN (BIP06) - Prix de "Thèse AMU" en 2014.
a soutenu sa thèse le 6 novembre à 14h30, dans l’Amphithéâtre Pierre Desnuelle "Etude pluridisciplinaire des hydrogénases : mécanismes et optimisation des propriétés catalytiques"
Composition du Jury :
- Dr Frédéric BARRAS, Examinateur,
- Dr Christine CAVAZZA, Rapportrice,
- Dr Vincent NIVIERE, Rapporteur,
- Dr Véronique BALLAND, Examinatrice,
- Dr Bénédicte BURLAT, Invitée,
- Dr Sébastien DEMENTIN, co-Directeur de thèse,
- Dr Christophe LEGER, Directeur de thèse.

Pierre CECCALDI (BIP07/LCB)
a soutenu sa thèse le jeudi 23 mai 2013 à 14h30 dans l’ Amphithéâtre Pierre Desnuelle, sur l’ "Identification des déterminants moléculaires de la réactivité d’une molybdoenzyme modèle : la nitrate réductase A d’ Escherichia coli"
Composition du Jury :
- Pr Peter FALLER, Rapporteur,
- Dr Stephane GRIMALDI, Examinateur,
- Pr Bruno GUIGLIARELLI, Directeur de thèse,
- Dr Axel MAGALON, Directeur de thèse,
- Dr Yves LE MEST, Examinateur,
- Dr Vincent NIVIERE, Rapporteur

2012

Clément AUSSIGNARGUES (BIP01)

Saïda BENOMAR (BIP01)

Alexandre CIACCAFAVA (BIP01)

2011

Magali LORENZI (BIP07)
a soutenu sa thèse le Jeudi 8 décembre 2011 à 14h dans l’ Amphithéâtre Pierre Desnuelle, sur « l’ Etude des transitions structurales des protéines désordonnées par marquage de spin suivi par spectroscopie RPE. »

2010

Laurence PRUNETTI (BIP01)
a soutenu sa thèse le Vendredi 10 décembre 2010 dans l’ Amphithéâtre Pierre Desnuelle, sur le « Métabolisme énergétique d’une bactérie hyperthermophile : organisation en supercomplexe et caractérisation de la voie de réduction de l’oxygène »

2009

Anne-Lise DUCLUZEAU (BIP09)
a soutenu sa thèse le mercredi 24 juin 2009 à 14h30 dans l’Amphithéâtre Pierre Desnuelle, sur « l’ Origine enzymatique de la respiration aérobie »

Jenny ERALES (BIP02)
a soutenu sa thèse le mardi 13 octobre 2009 à 14h dans l’ Amphithéâtre Pierre Desnuelle, sur « l’ Interaction de la CP12 chez des organismes photosynthétiques : relation “flexibilité-fonction” »

Fanny Leroux (BIP06)
a soutenu sa thèse le jeudi 17 décembre 2009 à 14h dans l’ Amphithéâtre Pierre Desnuelle, sur « l’ Etude par électrochimie directe et spectroscopie RPE du fonctionnement et de l’Inhibition des Hydrogénases à Ni-Fe »

Cindy Castelle (BIP01)
a soutenu sa thèse le vendredi 11 décembre 2009 à 14h30 dans l’ Amphithéâtre Pierre Desnuelle, sur « la Respiration du Fer ferreux chez les microorganismes acidophiles : organisation en supercomplexe et rôle d’une protéine accessoire ».

2008

Simon DUVAL (BIP09)
a soutenu sa thèse le novembre 2008 à 14h dans l’Amphithéâtre Pierre Desnuelle.

Sébastien RANALDI (BIP07)
a soutenu sa thèse le mercredi 3 décembre 2008 à 14h dans l’ Amphithéâtre Pierre Desnuelle, sur l’ « Etude d’une enzyme interfaciale, la Lipase Pancréatique Humaine (LPH), par marquage paramagnétique et spectroscopie RPE »